非結核分枝桿菌病的治療方法不是千篇一律，一般要根據(jù)所感染的菌株藥敏試驗。還有臨床病情的輕重程度來決定。因為非結核分枝桿菌和結核分枝桿菌都屬于分枝桿菌屬，所以治療上所用的藥物也大概相同，但大多數(shù)非結核分枝桿菌對常用的抗分枝桿菌藥物都耐藥，所以臨床上治療效果多數(shù)不確切。考慮到治療費用，還有藥物不良反應，有的專家建議要根據(jù)具體情況來綜合判斷決定是否治療。如癥狀比較輕微，病灶比較局限，經過動態(tài)隨訪觀察，變化不太明顯?；蜃隽怂幟粼囼灒蕪V泛耐藥或耐受性比較差，或年齡已經比較大，對這些藥物的副作用完全無法耐受。所以這一部分非結核分枝桿菌病專家建議可以不予治療，采取動態(tài)隨訪觀察的方式即可。
對于癥狀比較重、影響生活質量，必須要采取藥物治療的患者，醫(yī)生會盡可能根據(jù)藥敏試驗的結果，選擇5-6種藥物聯(lián)合應用，抗非結核分枝桿菌病的藥物主要包括大環(huán)內酯類，如阿奇霉素、利福霉素類、氨基糖苷類、氟喹諾酮類如左氧氟沙星、莫西沙星，強化期治療一般需要6-12個月，鞏固期治療需12-18個月。
在非結核分枝桿菌培養(yǎng)結果陰轉，痰里邊已經培養(yǎng)不出非結核分枝桿菌之后，還要繼續(xù)治療12個月以上。業(yè)內專家不建議對只是懷疑而沒有明確診斷的非結核分枝桿菌病的患者進行試驗性治療，也不建議非結核分枝桿菌肺病的患者采用外科手術治療。
