HPV病毒感染的治療目前沒有一種藥是特效的，也就是說沒有一種藥物能夠徹底的清除HPV病毒感染，口服藥更是沒有這樣的藥物。常使用的治療HPV的藥物，常常是干擾素的陰道局部的凝膠。干擾素有不同的劑型，它有一定的清除HPV病毒的作用，可以干擾HPV病毒的合成，來起到抑制病毒的作用。但是它的效果仍然不是非常確切的，并且不能從根本上來清除HPV病毒。
另外就是HPV病毒它有一定的自愈的機會，也就是說當患者比較年輕，機體抵抗力比較強的時候，絕大多數的女性都可能會通過自身的抵抗力，來將病毒自動清除。這個自動清除的時間一般都是在八個月到一年左右，所以如果是單純的HPV感染，而沒有導致宮頸病變、宮頸癌以及外陰、陰道、肛門周圍的尖銳濕疣的這樣疾病的情況下，可以給它一個時間，來讓病毒有一個自行清除的機會。在這個等待的機會中，可以通過鍛煉身體，增強機體的抵抗力，多吃一些高蛋白的食物，并且使用一些干擾素的凝膠來協助幫助病毒清除。
