糞菌移植最主要的治療適應(yīng)癥是針對復(fù)發(fā)性的艱難梭菌感染。早在1958年的時候，在西方國家美國的一個外科醫(yī)生就將糞菌移植應(yīng)用于偽膜性腸炎的治療，并且取得比較好的療效。在2013年的時候，在新英格蘭雜志上面發(fā)表了一篇關(guān)于糞菌移植治療復(fù)發(fā)性艱難梭菌感染的臨床研究，其中治愈率高達93.8%。所以在2013年的時候，糞菌移植作為一種治療手段寫入美國醫(yī)學指南，隨著糞菌移植臨床研究的不斷增多，糞菌移植現(xiàn)在應(yīng)用的適應(yīng)癥的范圍也是不斷增加，包括現(xiàn)在可以用于炎癥性腸病，譬如潰瘍性結(jié)腸炎、克羅恩病、腸易激綜合征、抗生素相關(guān)性腹瀉，以及一些代謝綜合征，比如重度肥胖、脂肪肝等疾病的治療。
