糞菌需要原材料，這個原材料來源于糞便，但不是隨便一個人都能捐獻糞便，對于捐糞者要求非常嚴格，先考慮的是18-25歲的青少年學生為主，并且要經過一系列的步驟的篩查：
1、病史初篩：包括詢問供體以前有沒有傳染病，還有腸道相關疾病，譬如炎癥性腸病、腸道息肉等。另外有沒有自身免疫系統(tǒng)疾病、代謝性疾病等。排除之后還要詢問供體近三個月有沒有服藥史，主要是包括抗生素以及制酸藥、免疫抑制劑等，這些有可能影響到腸道菌群的藥物，第一步合格之后才進入第二步篩查；
2、主要針對寄生蟲篩查；在廣東地區(qū)因為很多人喜歡吃魚生，所以寄生蟲感染率比較高，一般情況下要讓供體留取新鮮大便做寄生蟲篩查，要連做三次，隔天做一次，如果合格再進入到第三步；
3、進行胃腸鏡篩查，以及幽門螺桿菌檢測，然后再到第四步；
4、抽血項目：抽血項目內容包括腫瘤指標、免疫指標、炎性指標、傳染病系列等。另外還有大便檢查，包括大便細菌培養(yǎng)，阿米巴、結核、真菌、艱難梭菌等一系列檢查。以上四個步驟都合格的情況下才能夠成為合格的捐糞質。另外還要簽署知情同意書，并且要嚴格控制飲食，保證菌群質量。
