如果是相同缺損直徑的室間隔缺損和房間隔缺損，室間隔缺損通常為更嚴重。相同直徑的室缺和房缺，相對而言室間隔缺損的分流量壓差更大，對心臟的影響更大，通常判斷室間隔缺損和房間隔缺損的嚴重程度要看缺損的直徑。
心臟有兩個心房和兩個心室，其中左心房和右心房互不相通，左、右心房之間有完整的房間隔相隔。如果在胎兒出生之后，由于各種原因導致心房間隔未能及時、有效地融合，可能會遺留異常的通道，在臨床中稱之為房間隔缺損。房間隔缺損可能會造成左房的血液向右房分流，久病之后會引起右房增大、右心功能不全，甚至導致右心衰竭和肺動脈高壓。另外兩個心室之間有完整的室間隔相隔，可以防止左心室的動脈血向右心室分流。如果由于先天性因素造成室間隔未能完全融合，遺留異常的通道，通常稱之為室間隔缺損。室間隔缺損可能造成左室的動脈血向右室分流，也會造成右心功能不全，甚至會形成肺動脈高壓。
