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腦部彩超和腦部CT有必要同時做，因此二者所檢查的部位不一樣。腦部彩超主要查看腦部血管，如頸動脈、椎動脈、鎖骨上動脈 。腦部超聲現(xiàn)在常被用于早期腦血管病的篩查和疾病的監(jiān)測，比如腦血管狹窄、動脈硬化斑塊。條件好的腦部超聲或技術(shù)比較嫻熟的醫(yī)生，能夠觀察到一部分腦內(nèi)動脈或靜脈，頸部動脈看得最好。

腦部超聲還可以對部分疾病診斷提示，主要是帕金森病，其發(fā)病機制是黑質(zhì)病變，病變過程中會有大量的鐵質(zhì)沉積，通過腦部超聲可以發(fā)現(xiàn)沉積在黑質(zhì)上的鐵質(zhì)，來預(yù)判或分析帕金森病是否發(fā)生及嚴重程度。腦部CT主要看腦實質(zhì)，如有無腦實質(zhì)出血、梗塞、腫瘤。增強CT血管造影可以看到血管，而且比腦部超聲顯影更好。