下丘腦閉經(jīng)的主要原因跟下丘腦和垂體的激素變化有關(guān)，最常見的有泌乳素、催產(chǎn)素以及性腺激素，包括促卵泡激素以及促黃體生成素。這些激素對(duì)于調(diào)節(jié)女性月經(jīng)周期，以及女性雌激素、孕激素水平變化很有作用。比如泌乳素增高了就會(huì)促進(jìn)乳腺分泌乳液，同時(shí)可以抑制雌激素水平，從而出現(xiàn)閉經(jīng)現(xiàn)象。
促卵泡激素和促黃體生成素如果出現(xiàn)了異常增高，也會(huì)導(dǎo)致雌激素和孕激素的分泌的異常，從而導(dǎo)致月經(jīng)失調(diào)，或者閉經(jīng)的發(fā)生。所以下丘腦性的閉經(jīng)，主要是因?yàn)榇贵w的促性腺激素和泌乳素、催產(chǎn)素的作用，導(dǎo)致卵巢的雌激素跟孕激素分泌異常，而出現(xiàn)閉經(jīng)現(xiàn)象，叫做下丘腦性閉經(jīng)。
