孤獨癥的原因有很多，直到目前病因還不完全清楚，可能與以下因素有關(guān)：
1、遺傳因素：據(jù)臨床上資料顯示，孤獨癥的發(fā)病往往有遺傳史，孤獨癥常常與遺傳有高度的相關(guān)性，遺傳率要達(dá)到80%-90%。
2、與病毒與免疫學(xué)的原因有關(guān)：如果是病毒潛伏在中樞神經(jīng)，會造成患者蛋白質(zhì)異常，可以激活機(jī)體的免疫系統(tǒng)進(jìn)行免疫應(yīng)答。
3、與神經(jīng)、生化和神經(jīng)內(nèi)分泌的因素有關(guān)。
4、與圍生期有關(guān)：比如寶寶在出生的時候，有缺氧缺血性腦病、窒息、腦部有輕微的損傷，都會造成孤獨癥。
另外，孤獨癥常常還有一些不明原因，與后天的家庭的環(huán)境也有關(guān)系，孤獨癥的發(fā)病往往有遺傳史，有些孩子有免疫功能紊亂、神經(jīng)發(fā)育異常，都會出現(xiàn)孤獨癥的情況。但是它常見的誘發(fā)因素，是媽媽在懷孕初期的不利因素，比如媽媽是高齡產(chǎn)婦，或在懷孕期間出現(xiàn)了先兆流產(chǎn)，再就是有病毒感染，圍生期出現(xiàn)了缺血缺氧性腦病，這些都會造成孩子的孤獨癥。
