胃間質(zhì)瘤的手術(shù)方式主要由腫瘤大小及生長(zhǎng)部位決定。手術(shù)需切除干凈，盡量避免觸動(dòng)腫瘤，避免間質(zhì)瘤破損后播散到腹腔，結(jié)合腫瘤大小和生長(zhǎng)部位保留胃功能。腫瘤靠近賁門，切除完整可能影響賁門功能；幽門腫瘤比較巨大，很難在保留幽門情況下，完整切除腫瘤。因此，以上兩個(gè)位置是間質(zhì)瘤外科手術(shù)的挑戰(zhàn)。相對(duì)而言，一些胃大彎側(cè)間質(zhì)瘤效果較好、手術(shù)難度較低。
