高密度脂蛋白膽固醇偏低可能有多種原因，高密度脂蛋白膽固醇是參加體內膽固醇逆轉運重要的成分，讓組織中包括血管壁里面的膽固醇，通過高密度脂蛋白運回到肝臟被代謝，這是好的脂蛋白膽固醇，對血管有保護作用。
很多人出現高密度脂蛋白膽固醇偏低和遺傳有關，有很大的個體差異。有些人先天高密度脂蛋白膽固醇偏低，高密度脂蛋白膽固醇偏低還可能是某些疾病的影響。
如糖尿病患者血糖高會出現甘油三酯增高，低密度脂蛋白膽固醇輕度增高，而高密度脂蛋白膽固醇偏低。有些人生活方式不健康，過度飲酒或吃太多油膩、高糖食物，又缺乏體力活動、不愿鍛煉，過度肥胖可能造成高密度脂蛋白膽固醇偏低。
高密度脂蛋白膽固醇偏低和心腦血管疾病的風險增加密切相關，目前臨床還沒有直接證據，通過增高高密度脂蛋白膽固醇產生心腦血管的獲益。
臨床更關注的是低密度脂蛋白膽固醇，通過健康的生活方式，及安全有效的調脂治療，有助于降低低密度脂蛋白，也間接提高高密度脂蛋白膽固醇。
