肝囊腫開窗術(shù)屬于相對比較成熟的手術(shù)，而且手術(shù)的難度并不是特別大，所以相對不良后果的發(fā)生比較少，主要就是手術(shù)的并發(fā)癥，即肝臟手術(shù)引起出血、感染、膽瘺等一系列的風險。
肝臟的血供非常豐富，在開窗術(shù)的過程中，要進行囊壁的部分切除，切除的過程中。如果本身囊腔內(nèi)就已經(jīng)合并了出血、感染、膽瘺，發(fā)生并發(fā)癥的風險會較高。如果出現(xiàn)膽瘺，需要針對瘺口進行修補。
某些情況下，因為里面感染嚴重，會導致整個囊壁充血，血管豐富會導致術(shù)后出血的風險增加。
此外，也要注意過大的肝囊腫位于膈頂，這一類的囊腫在行開窗手術(shù)后，因為手術(shù)后會與膈肌粘連，有可能在后期又形成新的囊性病變，還可能會再形成囊液蓄積，甚至需要再次手術(shù)。
所以肝囊腫開窗術(shù)大部分沒有太大的問題，但是也有小部分會出現(xiàn)不良反應和并發(fā)癥。
