女性陰道用干擾素主要是用來治療HPV感染，干擾素在局部應用，沒有什么明顯的副作用。干擾素是局部用藥，所以局部用藥的安全性很高，因為不需要全身用藥，對全身的影響很小。且干擾素本身也不是一個副作用很大的藥物，而又是局部應用，因此陰道用干擾素沒有太大的副作用。
在臨床上基本上一年下來，沒有幾個病人使用干擾素有不適或者副作用，但偶爾有病人用藥之后有點不舒服，如外陰陰道瘙癢不適的情況。此情況下可能是對藥物本身的制劑有些敏感，此時可以停用此藥物，或者更換其它品牌的干擾素也可以。
干擾素治療HPV感染，并不是特效藥，效果不是非常好， HPV感染是一個病毒感染，本身沒有特效的治療，所以用不用干擾素治療均可。所以如果很擔心，用干擾素有副作用，不用也可以，如果想用也問題不大，因為干擾素本身沒有明副作用，不用特別的擔心。
